Depremde hasar gören cami avlu tabhane ve türbelerdeki çatlaklar geleneksel yöntemlerle tamir edildi. Ana kubbe dışarıdan çelik çemberve içeriden karbon elyafla güçlendirildi. Kaymayı engellemek için külliyeçevresine betonarme perde duvar yapıldı ve böylece çevre duvarlarına gelenyüklerde azaltılmış oldu. Tüm kurşun örtüsü yenilendi. Tabhane girişlerindeyıkılmış olan saçaklar yeniden yapıldı. Tüm çimentolu sıvalar yapıdanuzaklaştırıldı ve orijinal olanları korundu. Yapılan kalem işi dönemaraştırmaları sonucunda son klasik dönem kalem işi korunarak gereklitamamlamaları yapıldı. Minber, Mihrap, Külah ve Mahfil tavan yüzeylerindekikaybolmuş ve tahrip olmuş durumdaki bezemeler kimyasal yöntemlerle temizlenerekgün ışığına çıkartıldı. Sedef kakmalı kündekari kapıların çürüyen parçalarıdeğiştirilerek cilaları yapıldı. Dış cephede zor mevsim koşullarına yenikdüşmüş taş yüzeylerdeki bozulmalar tespit edilerek gerekli taş değişimleriyapılmış ve tüm cepheye şeffaf su itici (koruyucu) sürüldü. Dış cepheye bakan çürümüş durumdaki tümpencereler yenilendi içerideki süslemeli pencereler yerinde tamir vetamamlamaları yapıldı. Mevcut ağaçlar yerinde korunarak yeni peyzaj düzenlemesi yapıldı. Kazı çalışmaları sırasında bulunan Bizans kalıntıları koruma altınaalındı ve mevcut Bizans sarnıçlar temizlendi.

Cami görevlileri tarafındankullanılan ana mekana bağlı tabhaneler boşaltılarak, mutfak banyo ve arakatbölme ve diğer bölme duvarları yapıdan uzaklaştırılmıştır. Külliye içerisindeki cami vetürbelere yapıya en az yük getirecek yer yer takviye amaçlıda kullanılabilecektürden flanşlı iskelelerle tüm imalat mahallerinde platformlar kuruldu. 1999 depreminde camii anakubbesi, revaklı avlu kubbeleri, tabhane kubbeleri, türbeler ve külliyeyiçevreleyen duvarlarda ciddi yapısal hasarlar, çatlaklar meydana gelmiştir. Buna bağlı olarak; Alt yapı güçlendirme için YıldızTeknik Üniversitesi İnşaat Fakültesi Jeoloji Ana bilim Dalın’ ca yapılaninceleme ve değerlendirmelerde külliye avlusunda tarihi istinat duvarınaparalel betonarme perde duvar yapılması önerisi uygun bulunmuştur. Buna göre 20 ila 30 m yükseklikte el ile kuyutipi kazı yapılarak kademeli şekildeperde beton yapılmıştır. Üst yapı güçlendirme içinİstanbul Teknik Üniversitesi Mimarlık Fakültesi tarafından yapılan inceleme vedeğerlendirmeler sonucu Ana kubbe ve diğer kubbe çatlaklarına yüksekmukavemetli tarihi esere zarar vermeyen malzeme enjekte edilerek gelenekselyöntemle tamirleri yapıldı. Daha sonra ana kubbe dıştan çelik çember iletakviye edildi ve içten karbon bant sarılarak güçlendirildi. Deprem hasarlarının yeterince araştırılması için dıştan tüm kubbe yüzeylerindeki kurşun örtü tamamen söküldü,altından çıkan toprak ve evsafını yitirmiş durumdaki sıva katmanları raspaedildi. Bulunan çatlaklar aynı yöntemle güçlendirildi ve geleneksel sıvamalzemesi ile sıvandıktan sonra kurşun örtüsü yapıldı. Camiinin ana taşıyıcı duvarlarınıve dış görünümünü oluşturan yonu taşı (küfeki taşı) yüzeylerindeki zamanlaoluşmuş is ve kir tabakaları KUDEB raporlarında önerilen kimyasal yöntemlerletemizlenerek sıcak su püskürtmek sureti ile temizlendi. Daha sonra taşlardakibozulmalar tespit edilerek gerekli görülen yerlerde taş değişimleri gerekligörülen yerlerde imitasyon harç ile tamirler yapıldı. İstikameti bozulmuşprofiller ve ciddi kayba uğramış durumdaki taş ve mermer süslemeler sökülerekveya yerinde tamamlamalar yapılarak tamir edilmiştir. Tamirler sırasında açığaçıkan kenetler değişebilenleri paslanmaz kentlerle kurşun eritilerekdeğiştirilmiş değiştirilemeyecek durumda olanlarının pasları temizlenerekantipas uygulanmıştır. Minare şerefe altındakimukarnaslar paslanmaz donatılar ile tamamlanmıştır. Cümle kapısı ve revaklıavlu girişlerindeki mermer mukarnasların eksik olan sarkıkları orjinaline uygunşekilde hazırlanarak tamamlanmıştır. Revaklı avlu zeminlerindeki mermerlerinkırık ve parçalanmış durumda olanları değiştirildi. Ana kubbe, diğer kubbeler veduvarlardaki üzerinde kalem işi bulunan orijinal sıvalar mikro enjeksiyonyöntemi ve vida ile yerlerinde sağlamlaştırılarak korunmuş, Camii iç yüzeylerivakumlama yöntemi ile temizlenerek orijinal harcı ile derz dolgularıyapılmıştır. Ana kubbe, revaklı avlukubbeleri, tabhane, türbeler, saçaklar ve diğer ahşap tavanlarda kimyasalyöntemle dönem araştırmaları yapılarak daha önceki onarımlar sırasında yapılmıştüm bezeme katmanlar tespit edilerek projelendirilmiştir. Bilim kurulu vekoruma kurulunun önerileri doğrultusunda şu anki mevcut haline getirilmiştir. Orijinal ve özel önemi olan çinipanolar tuzlarından arındırıldıktan arkalarına enjeksiyon yapılarak yerindekorunmuş ve sağlamlaştırılmıştır. Daha önceki onarımlarda bozumluş olanlaryerlerinden sökülerek doğru yerlerine döşenmek ve kırık parçaları yapıştırılmaksureti ile onarımları yapılmıştır. Mevcut gergi demirlerininyüzeyindeki pas tabakası yumuşak fırça ile temizlenerek demir yüzeyine özelkoruyucu zinga sürüldü. Bağlantı yerlerinden kesit kaybına uğramış olanlarıtakviye edildi veya değiştirildi. Dışlık pencerelerin bir çoğununcamları kırılmış, pencere yerinden oynamış, ara bölmeleri yok olmuş durumdaydı.Ölçü ve kalıpları alınarak özel paslanmaz donatılarla tamamı yenilendi. Dönemin güzel örneklerinden olaniçlik pencerelerinin kırılmış renkli camları değiştirildi, alçı çıtalarınınbozulmuş ve yok olmuş durumda olanları için kalıp çıkartılarak yerindetamamlamaları yapıldı. Camii içerisindeki müezzinmahfili tavanlarında daha önce düz renk ve kat kat yağlı boya ile boyandığıiçin yok olmuş durumdaki bezemeler yapılan dönem araştırmaları ile ortayaçıkartılarak canlandırılmış ve bu günkü haline getirilmiştir. Mihrap, minber, külah ve hünkarmahfili altındaki dönemin en güzel örnekleri olan müzeyyen bezemeler kimyasalyöntemle temizlikleri yapıldıktan sonra tamamlamaları yapılmak sureti ile tamiredilmiştir. Ustalık eseri olan sedef kakmalıkündekari kapıların yüzeyindeki yağlı boyalar raspa edilerek orijinal dokusuortaya çıkartılmış çürümüş ve kurt yeniği olan parçaları değiştirilerek ilaçlanmışgeleneksel cilaları yapılarak bu günkü görünümüne kavuşturulmuştur. Cami avlusundaki şadırvan kurşunörtüsü yok olduğundan tamamen tahrip olmuş durumdaydı. Ana taşıyıcı vekarkasları değiştirilmek sureti ile büyük oranda yenilendi. Şadırvanın sudeposu izole edildi ve özel su tesisatı çekilerek eski günlerindeki kullanımısağlandı. Tüm lokma demir parmaklıkyüzeylerindeki yağlı boyalar kimyasal yöntemlerle sökülerek eksik parçalarıyerinde tamamlandı. Renk tespiti yapıldıktan sonra yüzeylerine özel nefes alanboya sürüldü. Minare ve kubbelerde bulunanalemler yerinden sökülerek tamirleri yapıldı. Deforme olmuş ve ezilmiş parçalardeğiştirildi. Macun ile pürüzsüz yüzey oluşturularak astarlandı ve üzerine 24ayar altın varak uygulanarak bu günkü görünümü elde edildi. Külliyeyi çevreleyen tarihiduvarlarda bulunan çatlaklara enjeksiyon yapılarak onarılmıştır. Çimentolusıvalar ve zararlı bitkilerden uzaklaştırıldıktan sonra bilim kuruluncabelirlenen yöntemler ile gerekli tamamlamalar yapılmıştır. Orijinal derzleriyapılarak doğal görünümüne kavuşturulmuştur. Bahçe kotu orijinal seviyesinealınarak mevcut ağaçlar yerinde korunarak tüm peysaj yeniden düzenlenmiştir.Güçlendirme çalışmaları sırasında ortaya çıkartılan Bizans dönemine ait bulgulargerekli belgeleme çalışmaları yapıldıktan sonra koruma altına alınmak suretiile gün ışığına çıkartılmıştır. Yine külliye içerisinde yer alan kısmen cami verevaklı avlu alt kısmındaki 2 adet Bizans dönemine ait sarnıç içerisindeki balçıkve taşıyıcılarına zarar veren bitki kökleri temizlenerek yıkılmış durumdabulunan veya tehlike arz onarılması zorunlu olan kısımlara müdahale edilerekkoruma altına alınmıştır. Bahçede sarnıç üzerine gelen ağaçlar sökülerek kökvermeyen bitki türleri dikilmiştir. Zeminde tarihi eser dokuya uygun taş döşeme kaplaması yapılmış çökmüşdurumdaki orijinal zeminler numaralandırılmak sureti ile yerinden sökülerekteraziye alındıktan sonra eski yerlerine döşenmiştir. Tüm dış cephe taş yüzeylerineşeffaf su itici uygulanarak kötü hava koşullarının binaya vereceği zararlarazaltılmıştır. Bahçe içerisinde genel görünümübozmayacak şekilde modern tuvaletler inşa edilmiştir. Çalışmalar sırasında ortaya çıkan taşınabilir bulgular arkeolog denetiminde envanteri tutularak müzeye teslim edildi. Cami bünyesineait olanları külliye içerisinde uygun bir yerde sergilenmesi planlandı.

Kitabesinden anlaşıldığına göre Yavuz Sultan Selim adına oğlu Kanuni Sultan Süleyman 1522 yılında yaptırmıştır. Depremde büyük hasar gören camii' nin güçlendirme ve restorasyon çalışmaları Alba İnşaat tarafından 2009 yılı sonunda tamamlanmıştır.